1.关于穴位。
（1）穴位分布。董氏奇穴一共分为十二个部位，传统的以经络来分布。
一一部位：手指部；二二部位：手掌部；三三部位：前臂部；四四部位：上臂部；五五部位：足趾部；六六部位：足背部；七七部位：小腿部；八八部位：大腿部；九九部位：双耳部；十十部位：头面部；十一部位：前胸；十二部位：后背。
（2）取穴方法。董氏奇穴用区间取穴法：一点二分法，二点三分法，三点四分法。传统针灸：一般以标志物来取穴。
（3）穴位个数。董氏奇穴：两点或者多点为一穴，比如：五虎穴、上三黄穴。传统针灸：一个点即一穴。
2.关于进针。传统针灸：注重补泻手法，有句话叫：“补泻不明，针灸不灵”。董氏奇穴：不苛求补泻手法，捻转得气，平补平泻就可以了。
董氏奇穴的“体应针法”：
一是以骨治骨。要贴骨进针或者抵骨进针，首先可以治疗骨头的问题，另外由于肾主骨生髓，所以，可以治疗肾亏引起的疾病。例如：传统中医里的风市穴就是董氏奇穴的中九里，区别在于针刺不一样：中九里必须贴骨或抵骨进针，所以功效比风市穴要强大，可以治疗骨头的问题，是治疗骨刺的特效穴。风市穴针刺要求只有进针1-2寸。木穴也是直刺贴骨进针。
二是以筋治筋。要贴筋进针和刺在筋上，可以治疗筋的问题。由于肝主筋，所以，也可以调理与肝有关的一些脏象病，如贴骨进针。比如传统针灸的尺泽穴就是董氏奇穴的曲陵穴的位置，区别是曲陵穴要握拳屈肘，贴筋进针。贴筋进针可以治疗筋上的问题，第一可以治疗肩周炎，因为肩周炎主要就是筋上的问题。第二，曲陵穴位于肘窝，根据全息理论对应膝盖，可以治疗屈伸不利造成的膝盖痛。刺在筋上：比如落枕，脖子不能转，可以用正筋、正宗倒马针，筋上穿过，针尖抵骨，根据以筋治筋理论可以治疗筋的问题，另外根据全系对应理论和经络循行理论，脖子对应脚脖子。这两针治疗颈项筋痛，扭转不利最特效，针上以后，利用动针疗法脖子很快就会舒服。
三是以脉治脉。首先心主血脉。如脉会太渊，太渊穴下一针，可以治疗心血管病。另外刺络放血。刺络脉和静脉来改善血液循环，从而达到治病的目的。
四是以肉治肉。在肌肉丰厚处下针，可以治疗肌肉相关的疾病。因为脾主肌肉，故可以健脾益气。如肩中穴在上臂肉丰厚的地方，肩缝下2.5寸，根据以左治右，以右治左，以上治下，以下治上的理论，肩中穴可以治疗对侧大腿的肌肉酸痛，肌肉无力，肌肉萎缩的问题。
五是以皮治皮。以皮治皮涉及到穴位的空间性，即指治疗皮肤类或浅表性的疾病，进针务必要浅。无论传统针灸还是董氏奇穴在治疗皮肤类的疾病的时候，一般会配上刺络放血，因为刺络放血刺的都是身体上的小络脉或者静脉，进针特别浅。体应针法是董氏奇穴所独有的理念，也是它的精华部分。
3.关于治疗思路。传统针灸是针、艾灸并用，相对来说选取穴位比较多。董氏奇穴针是艾灸、刺血并用，用穴极其精简，效果往往意想不到。特别是对于妇科及久治不愈的疑难杂病。如治疗感冒：传统用穴大椎，风池，风府，曲池，外关等，至少7-8针。董氏奇穴只要木穴配叉三，并且一手木穴，一手叉三即可。
4.关于核心思。董氏奇穴的核心思想是脏腑别通理论。董氏奇穴的效果比传统针灸的临床效果好的原因，主要是使用的理论体系不同。传统针剂的用的是本经、同名经、表里经，而董氏奇穴是将脏腑别通理论第一次用在临床上。脏腑别痛理论比传统的的理念要好一些。别通理论并非董氏奇穴发明，在明朝的《医学入门》中就有记载，叫五脏别通法，只不过董氏奇穴第一次把它用在针灸系统中，经过不断的验证，总结，把胃与心包通也补进来，成了六脏六腑，改名为脏腑别通。脏腑别通的理论就是把三阴经，三阳经按照开阖枢的理念，也就是同气相求的理论把它分为两两一组。如太阳为开，太阴为开，开是什么？开就是打开受纳之门，先开的是运输转化的地方；阳明为阖，厥阴为阖，阖是什么？阖是关的意思，是各取所需之处。身体是按照流程来的，首先打开受纳之门，把吃的、喝的，五谷杂粮进到身体里，经过脾胃，小肠等器官的运输转化成营养物质，也就是枢，然后是阖，营养物质变成气血了，身体根据活动量，功能的需要合理分配气血，各取所需。这就是开阖枢的意思。